Groene waterstof wordt gemaakt met energie uit duurzame bronnen, zoals zon en wind. Door middel van elektrolyse ontstaan zuurstof en waterstof. Bij dit proces treedt ongeveer 30% energieverlies op. Deze fossielvrije vorm is erg duurzaam, want er komt geen CO2 bij vrij. Slechts 1% van de in Nederland opgewekte waterstof is groen; toegepast in kleinschalige projecten, zoals voor een tiental woningen. Er zijn plannen voor grootschalige waterstoffabrieken, maar de productie van groene waterstof is op dit moment erg duur door de huidige kosten voor groene elektriciteit, elektrolyse en transport.
Groene waterstof kan ook worden gemaakt van (duurzame) biomassa. Gezien de hoge vraag naar duurzame biomassa als grondstof of als rechtstreekse energiedrager, is deze route mogelijk minder waarschijnlijk.